2.1 Fondamentaux de Parcours
Informatique théoriques Algorothmique & programmation Systèmes informatiques Systèmes d'information Complément Stage
2.1.1 Informatique théoriques
I63 : Calculabilité et complexité INFORMATIQUE
Objectif
L'objectif de ce module c'est d'abord de donner la notion de "modèle de calcul", nécessaire si l'on veut se poser des questions sur la décidabilité et la complexité algorithmique d'un problème donne, et ensuite d'étudier certaines classes de complexité de problèmes décidables.
Contenu
  • Calculabilité:
    • Modèles de Calcul :
    • Fonctions Récursives, ensembles récursifs et récursivement énumérables
    • Machines de Turing non déterministes et déterministes, langages et fonctions Turing calculables et semi calculables
    • Lambda Calcul Pur Non Type : fonctions  lambda représentables
    • Equivalence entre ces 3 modèles de calcul
    • Décidabilité et Indécidabilité :
    • Propriétés des langages récursifs et récursivement énumérables
    • Etude de quelques problèmes qui ne sont pas décidables : problème de l'arrêt, satisfiabilité des formules de la logique du premier ordre, problème de la correspondance de Post...
  • Complexité Structurelle :
A - Mesures de complexité
          B - Classes de complexité : problématique et notions générales
C - La théorie de NP-complétude
                -la notion de réduction
                -théorème de Cook
                -exemples de réduction
          D - La classe co-NP
          E - Problèmes complets PSPACE
          F - La classe #P
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
2.1.2 Algorothmique & programmation
I61 : Algorithmique de graphes INFORMATIQUE MIAGE ASR Informatique-biologie
Objectif
Il s'agit de présenter les graphes et leur manipulation informatique à travers différents algorithmes.
Contenu
  • Présentation des graphes et des structures de données classiques pour les manipuler.
  • Parcours de graphes non pondérés :  Parcours en largeur : calcul des distances,  Parcours en profondeur et applications,  Parcours Eulériens.
  • Graphes pondérés :  Algorithmes de calculs de plus courts chemins,  Algorithmes de calcul d'arbres couvrants de poids minimum : introduction aux matroïdes, Couplages de poids max.
  • Introduction aux problèmes difficiles :  Coloration,  Cliques, stables,  Couvertures,  Voyageur de commerce, Parcours Hamiltoniens.
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
I62 : Programmation Objet INFORMATIQUE MIAGE ASR Informatique-biologie
Objectif
L'objectif du cours est de présenter les concepts de base de la programmation orientée objet et de montrer l'application de ces concepts au travers du langage Java.
Quelques éléments de conception objet seront également présentés.
Contenu
  • Les concepts objet (concepts de la programmation orientée objet) : l'abstraction et l'encapsulation, les objets et les classes, la communication par envoi de messages, la généralisation et l'héritage, le polymorphisme, les langages objet (en particulier Java)
  • Eléments de base du langage Java : syntaxe / structure d'un programme Java, les commentaires, les variables, les types primitifs, les opérateurs, les instructions, de contrôle
  • Eléments de conception objet : les types référence, Les tableaux et les chaînes de caractères, les objets et les classes Java, structure des classes, création/destruction des objets, les variables d'instances/classe, les méthodes d'instance/classe, ..., l'héritage et l'encapsulation/masquage/portée des variables (private, protected, ...), Les classes abstraites et les interfaces, les classes internes, les exceptions (traitement des erreurs), les packages  .
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
I612 : Projet programmation INFORMATIQUE MIAGE Informatique-biologie
Objectif
L'objectif est de maîtriser la mise en œuvre d'un projet dans un langage de programmation.
Contenu
Etude de cas : analyse et mise en œuvre dans un langage de programmation (impératif ou objet).
Horaires
Cours
TD
TP
     0
     0
   39
I65 : Intelligence Artificielle INFORMATIQUE MIAGE Informatique-biologie
Objectif
L'objectif de ce module est d'introduire les notions de base théoriques et pratiques sous-jacentes à l'intelligence artificielle.
Contenu
  • Résolution de problèmes (arbres de jeu)
  • Représentation des connaissances
    • logiques,
    • réseaux sémantiques, procédurales, et règles de production.
  • Systèmes experts (différents chaînages)
    • chaînage avant, 
    • chaînage arrière, et
    • chaînage mixte.
  • Implantation au travers du langage Prolog
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
2.1.3 Systèmes informatiques
I613 : Administration Systèmes ASR
Objectif
Acquérir les connaissances de base pour effectuer les tâches d'administration de système dans les environnements UNIX/LINUX, Windows
Contenu
  • Présentation générale
  • Système de gestion de fichier: RAID, installation du système, déploiement, configuration de stations autonomes, gestion des utilisateurs sur une station autonome, dans un domaine (windows), nis et ldap (unix), permissions et droits, délégation de contrôle
  • Services : planification de tâches, processus de démarrage de l'OS, paramètrage de l'OS,
  • Modules,   
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
I611 : Projet Administration Systèmes ASR
Objectif
Ce projet permet d'aborder de façon concrète les différents aspects de l'administration des systèmes et des réseaux.
Contenu
Les étudiants devront monter et administrer un réseau contenant les services et les équipements les plus significatifs que l'on  rencontre aujourd'hui dans les réseaux d'entreprise.
Il est à noter que le réseau sera hétérogène, et comportera des éléments Windows et Unix. 
Horaires
Cours
TD
TP
    0
    0
   39
2.1.4 Systèmes d'information
I614 : Gestion de projet MIAGE ASR
Objectif
L'objectif de ce cours est de s'approprier les méthodes et techniques de gestion de projets.
Contenu
  •  Phases d'un projet, découpage, planification
  • Estimation des temps et des coûts, gestion des ressources
  • Animation et pilotage des intervenants, travail d'équipe, motivation
  • Revues régulières, capitalisation des connaissances,
  • Tableau de bord pour le pilotage,
  • Aspects juridiques, évaluation et gestion des risques
  • Plan d'assurance qualité, 
  • Aperçus sur les outils d'aide à la planification et à l'évaluation
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
I64 : Génie Logiciel INFORMATIQUE
Objectif
Ce cours introduit  les bases de la conception et vérification des logiciels objets et concurrents.
Contenu
  • Modèles dynamiques, systèmes de transitions, automates, traces, chemins, logique temporelle, LTL, CTL, CTL*, vérification de modèle, réseaux de Petri, matrice d'incidence, arbre/graphe des marquages, arbre/graphe de couverture, k- bornitude, semi-vivacité, vivacité, invariants
  • Modèles formels statiques pour les objets: Classes Formelles, Z/Object-Z, B
  • Modèles formels dynamiques et concurrents : algèbres de processus, CCS, équivalences de traces, bissimulation forte, bissimulation faible / équivalence observationnelle, compositionnalité, axiomatisations, ordres de réductions / raffinement, échecs, divergences
  • Langages de description d'architectures (ADL) 
Horaires
Cours
TD
TP
    18
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   0
E61 : Système Comptable MIAGE ASR
Objectif
Contenu
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
2.1.5 Complément
Anglais INFORMATIQUE MIAGE ASR Informatique-biologie
Objectif
Ecouter et comprendre, parler, lire et comprendre, écrire
Contenu
  • Enoncés relativement complexes et longs à contenu informatif et argumentatif. Langue générale et langue spécifique au domaine. Pouvoir saisir informations, logique et argumentation.
  • Prendre la parole en continu sur un sujet spécifique au domaine. Présenter des informations et une problématique de façon structurée dans la langue appropriée et en utilisant des supports adéquats. Répondre aux questions suscitées. Participer à un débat sur un thème général ou spécifique au domaine.
  • Documents divers introduisant le lexique et la formulation spécifiques au domaine, comportant des phrases complexes et porteuses de nuances.
  • Exprimer et justifier une opinion dans un texte structuré et dans une langue adaptée au sujet. Résumer un document écrit ou sonore sur un thème de culture générale ou spécifique au domaine.
Horaires
Cours
TD
TP
    0
    19,5
   0
B61 : Régulation pour l'expression génétique 2 Informatique-biologie
Objectif
1)Analyser les mécanismes impliqués dans le contrôle de l'expression des gènes chez les eucaryotes :
  • Mécanismes globaux : Structure de la chromatine.
  • Mecanismes transcriptionnels : Transcription par les RNA polymérases I, II et III. Maturation,epissage et transport des ARNm . Stabilité des ARNm.
  • Mecanismes de régulation transcriptionnel et  post- transcriptionnels.
2)Fournir au candidat, à travers l'analyse d'articles en TD, une vision des approches utilisés une recherche, ainsi que l'apprentissage des méthodes et techniques de base utilisés dans la thématique du cours.
Contenu
1) Structure de la chromatine et mécanismes globaux de la régulation des gènes.
-Structure des Nucléosomes :
-Structure chromatinienne des gènes transcrits
2) La transcription chez les eucaryotes
ARN Polymérases Multiples I, II et III. Structure, sous- Unites.
Systèmes de transcription In vitro (extraits cellulaires). In vivo (expression transitoire ou stable).
3) Transcription RNA polymerase I : site de transcription, le nucleole, structure des genes et assemblage des ribosomes, Rna pol I. Structure des promoteurs de classe I ( UCE + core promoter) Facteurs de transcription : UBF et SL1, TIFA et C. Assemblage des facteurs sur le promoteur. Terminaison. Régulation de la transcription.
4)Transcription RNA polymerase III
5)Transcription RNA polymerase II
-Différentes familles des facteurs de transcription..
-Régulation de l'activité des facteurs transcriptionnels.
6) Maturation des ARNm chez les eucaryotes et le contrôle post-transcriptionnel (coiffe, poly a, PABP, rôle dans la traduction) Epissage. Transport des ARNm vers le cytoplasme. Maturation des ARNr et ARNt. Edition ARN.
7)Rna interference. Micro ARNs
8) Le contrôle traductionnel et post-traductionnel chez les eucaryotes. Contexte d'initiation de la traduction (règle de kosak). Ires. Dégradation des protéines. Ubiquination.
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
   0
I69 : Modélisation pour la biologie Informatique-biologie
Objectif
Ce cours a pour objectif de familiariser les étudiants de culture mathématique ou informatique aux techniques de modélisation des systèmes biologiques simples. Ce cours donne lieu à un projet.
Contenu
 1 machines chimiques abstraites
    a/ réécriture d'expressions algébriques simples
    b/ écriture symbolique de réactions chimiques
    c/ recherche des états d'équilibre d'un système
2 introduction aux automates cellulaires
    a/ représentation matricielle de l'espace
    b/ règles de transformations locales
    c/ bon usage des fonctions aléatoires
    d/ traitements algorithmiques des règles de transformation
    e/ optimisations de la représentation de l'espace
3 modèle proies/prédateurs et similaires
    a/ modélisation par EDP
    b/ modélisation par automate cellulaire
Horaires
Cours
TD
TP
    18
    21
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2.1.6 Stage MIAGE ASR
Durée
Le stage est d'une durée minimum de 14 semaines.